(一)办公室
负责机关日常运转工作,承担政务信息、网络安全、保密(机要、值班)和综合协调、会务、督查督办、考核、新闻宣传、档案、后勤、精神文明建设、建议提案办理、招商引资等工作。负责机关制度建设。负责组织综合性文稿材料撰写工作。负责水利信息化、水利协会工作。负责水利系统对外交流合作及水利科技等工作。承担机关离退休人员服务工作。
(二)规划建设科
组织编制全县水利战略规划、中长期规划、综合规划、流域规划和重大专项规划;归口管理水利专业和专项规划的编制工作。负责全局性重大水利改革统筹协调。负责水利固定资产投资和建设项目前期工作、投资计划的统筹管理。负责水工程建设项目合规性审查。组织指导重要水利建设项目前期工作,组织提出全县水利固定资产投资的规模、方向、项目安排建议和年度建议计划。指导水利建设项目后评估工作。承担水利统计、普查工作。负责水利勘察设计市场的监督管理,组织实施县级水利项目规划、可行性研究、初步设计和县级水利行政许可项目的技术审查以及建设和运行管理重大技术审查工作。指导水利工程建设管理及造价管理工作。指导水利工程蓄水安全鉴定和验收;指导江河堤防、病险水库除险加固、水源工程、江河治理的建设管理及监督工作。负责重点水利工程建设、管理及监督工作。组织实施水利建设市场的监督管理和水利建设市场信用体系建设。负责水利行业招投标工作。
(三)财务审计科
编制部门预算并组织实施,承担机关并指导所属单位的财务管理和资产管理工作。负责提出中央、市级和县级水利财政资金安排建议,并统筹协调项目资金的监督管理和绩效评价。提出有关水利价格、税费、基金、信贷的建议。负责机关及所属单位落实重大决策、规划计划情况和财政财务收支、内部控制及风险管理的内部审计。负责所属单位党政领导干部经济责任审计工作。负责水利行政事业性收费、重点水利建设项目、专项资金等的内部审计监督。负责督促落实审计发现问题的整改。
(四)组织人事科
负责机关和直属单位的干部组织人事、机构编制、劳动工资工作;负责水利行业职称、职业技能申报等工作;负责干部人事培训工作及水利行业人才队伍建设工作。负责党群工作;配合纪检监察机关做好纪检监察相关工作。
(五)水政水资源和行政审批科
负责水利依法行政工作。负责县级水利行政许可审批项目的合法性审查工作,指导水利行政许可工作并监督实施,承担行政许可、行政处罚的听证组织工作。统筹指导行政应诉工作,承办行政复议和行政赔偿工作。组织实施水政监察和水行政执法,组织查处重大涉水违法事件。承担本部门行政审批制度改革工作,负责本系统行政审批工作,具体管理本部门行政审批窗口。承担实施最严格水资源管理制度相关工作,组织实施取水许可、水资源论证、用水总量控制等制度。开展水资源有偿使用工作,指导水量分配、河流生态流量水量管理、河流水生态保护与修复及河流水系连通工作并监督实施。组织编制水资源保护规划,指导饮用水水源保护有关工作。组织开展水资源评价有关工作,组织编制并发布云阳县水资源公报。指导地下水开发利用和地下水资源管理工作。执行节约用水政策,组织编制并协调实施节约用水规划;负责计划用水、节约用水工作;组织实施用水效率控制和定额管理制度;指导和推动节水型社会建设工作。指导全县水文水资源(含水位、流量、泥沙、水质等要素)监测、江河湖库和地下水监测;负责发布水文水资源信息、情报预报,提出水资源供需总量平衡的意见;负责水资源调度并监督实施。
(六)河道管理科
负责河道管理范围内水域及其岸线的管理和保护工作。负责河道管理范围划定工作和重要江河、水库、滩涂、河口的开发、治理和保护。监督管理河道采砂工作,负责河道采砂规划和计划的编制及河道砂石资源有偿使用制度实施。组织审查河道管理范围内工程建设方案和防洪论证制度。负责跨行政区域河道管理的协调并协助查处河道管理范围内的违法案件,负责县管河流的综合治理与开发。
(七)水生态建设与河长制工作科
负责水生态建设工作。负责全县推进河(库)长制工作的协调、督导、考核等具体工作;起草拟订河(库)长制管理制度,承办县级总河长会议,落实县级总河长、副总河长确定的事项;拟订并分解河(库)长制年度目标任务,并监督实施。负责三峡水库综合监管及相关工作。承担云阳县河长办公室日常工作。
(八)水土保持科
负责全县水土保持工作。负责全县水土流失调查、综合防治、监督管理和监测评价、预报、公告等工作;组织编制全县水土保持规划并监督实施,实施水土保持补偿费征收制度;负责县级生产建设项目水土保持方案审核并监督实施;组织实施全县水土流失重点预防区、重点治理区水土保持工作。参与查处水土保持违法案件,协调处理水土流失防治纠纷。承担云阳县水土保持委员会办公室日常工作。
(九)水利水电科
组织实施大中型灌排工程建设与改造及农村饮水工程建设管理工作;组织指导节水灌溉有关工作。指导农村水利社会化服务体系建设。组织编制农村水能资源开发规划,组织开展水能资源调查评价。负责水电农村电气化、农村水电增效扩容改造以及小水电代燃料等农村水能资源开发工作。负责水利设施的管理、保护和综合利用,负责水利工程管理体制改革工作。指导水库大坝及水闸的注册登记、水库大坝安全鉴定和监测。
(十)三峡库区工作科
负责三峡工程移民搬迁安置相关事项的处置,配合落实三峡工程验收相关工作;负责三峡移民资产管理;负责三峡库区基金使用管理。牵头负责三峡后续工作规划的综合协调、组织实施和监督管理;负责拟定三峡后续项目年度实施意见,提出三峡后续项目年度资金使用建议方案,承担三峡后续项目的合规性审核、报批和实施监管。负责三峡后续工作专项资金绩效管理相关工作。负责库区移民培训工作。组织实施三峡水库蓄退水安全项目和运行调度有关工作。承担云阳县三峡后续工作领导小组办公室日常工作。
(十一)水库移民后期扶持科
承担水利工程移民安置管理工作。组织实施水利工程移民安置验收、监督评估等制度,审查大中型水利工程移民安置规划大纲,审核大中型水利工程移民安置规划和项目年度计划;承担新增大中型水利工程(水库)移民后期扶持人口审核、登记和申报工作。组织编制全县大中型水库移民后期扶持规划,并组织实施。指导检查大中型水库移民后期扶持政策执行、监测评估及绩效评价。调查研究移民后期扶持政策实施中的重大问题并提出建议意见。负责编制三峡移民后期发展扶持规划并组织实施,监督管理三峡移民后期扶持资金和重点扶持项目。
(十二)监督科
负责检查水利重大政策、决策部署和重点工作的贯彻落实情况。拟订全县水利安全生产发展制度及年度计划并监督实施。组织实施水利工程质量和安全监督。组织实施县级及以上水利投资项目的稽察和整改落实情况的监督检查。指导水利行业安全生产工作,组织指导水库(含三峡水库)、水电站大坝及农村水电站的安全监管。
(十三)信访科
负责水利行业的信访稳定工作,承担来信来访接待和处理工作,组织实施水利信访问题的调查研究等工作。负责水利行业政法综治平安建设工作、农民工工资治欠保支信访稳定工作。